寺伝によれば、大化年間（645～49）には感應寺（かんおうじ）という天台宗（真言宗とも）の寺で、石船神社の別当であった。その後、一時期廃絶したが、文明7（1475）年3月に耕雲寺5世の徳嶽宗欽（とくがくそうきん）大和尚によって再興されるが、再び荒廃する。天正元（1573）年5月にいたり、村上領主・本庄繁長（ほんじょう しげなが）侯が巖室文松（がんしつぶんしょう）大和尚を招いて開山とし、寺号を諸上寺と定めた。
開基は村上領主・堀直竒（なおより）侯で、寺領地も堀家の寄進によるものであった。躑躅（つつじ）の咲く庭園は見事なもので、虚空蔵（こくぞう）堂が建つ。裏山には三十三番の観世音菩薩が祀られている。現在の本堂は天保元（1830）年に再興されたもの。

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